(Note: These tutorials are meant to provide illustrative examples of how to use the AMBER software suite to carry out simulations that can be run on a simple workstation in a reasonable period of time. They do not necessarily provide the optimal choice of parameters or methods for the particular application area.)
Copyright McGee, Miller, and Swails 2009

AMBER ADVANCED TUTORIALS
TUTORIAL 3 - SECTION 3.6

Python Script MMPBSA.py

Dwight McGee, Bill Miller III, and Jason Swails

MMPBSA.pyを使用して、結合自由エネルギーを計算するための重要なファイルは、トポロジーファイルとmdcrdファイル(ras-raf_top_mdcrd.tgz)である。

残基またはペアワイズ残基ベースでのRas-Rafの結合自由エネルギーに対する自由エネルギーの寄与 (amber11 only!)

前章までにRAS-Rafシステム上での自由エネルギー構成を明らかにした(Section 3.1)。Amberは、2つのタイプの自由エネルギー構成分解、残基ベースとペアワイズ残基ベース、をサポートしている。残基ベースの分解は、単一の残基のシステム内のすべての残基に対する相互作用を加算することにより、エネルギー寄与を計算する。ペアワイズ分解は、システム内の残基対の間の相互作用エネルギーを計算する。下記に両方のタイプの例を示す。MMPBSA.pyが正しくマスクを推測した場合、残基ベースで取得したΔ寄与は機能することに注意する。独自のマスクを入力した場合は、入力ファイルへ残基のカードをマニュアルで追加する必要がる。

a) 残基あたりの自由エネルギー構成分解

自由エネルギー構成分解するには、&decomp namelistをMMPBSA.pyの入力ファイルで指定する。また、変数idecompを指定する(デフォルト値はない)。この変数値を誤ると、プログラムは情報を含んだエラーメッセージを表示して終了する。idecompには4つの値があり、1と2は残基あたりの分解である。1を選択すると、1-4非結合相互作用エネルギー(1-4 EELと1-4 VDW)を追加する。2を選択すると、静電ポテンシャル項に1-4 EELの相互作用エネルギーを追加し、ファンデルワールスポテンシャル項に1-4 VDW相互作用エネルギーを加える。

下記のMMPBSA.py入力ファイルは、PBもしくはGB implicit solvent モデルで、残基対応の分解を実行するために使用する(注:PB非極性溶媒和エネルギーは現在構成分解出来ない)。

mmpbsa_per_res_decomp.in
Per-residue GB and PB decomposition
&general
   endframe=50, verbose=1,
/
&gb
  igb=5, saltcon=0.100,
/
&pb
  istrng=0.100,
/
&decomp
  idecomp=1, print_res="5; 30-40; 170-200"
  dec_verbose=1,
/

MMPBSA.py用の入力ファイルは、AMBERのsanderモジュールのmdinファイルの設定に同様になるように設計されている。各名前リストは、ampersand (&)で開始し、次に名前リストが続く。また、名前リストの終了はbackslash (/)または'&end'で表す。すべての変数の完全なリストについては、Manualを参照する。入力ファイルは、&general, &pb, &gbと&decompの4つの名前リストに分割されている。一般的な名前リストは、計算の特定の部分に変数を指定するのではなく、すべての部分に変数を指定するように設計されている。このセットアップでは、受容体をRAS、リガンドはRAFと定義した。'endframe'変数はmdcrdの何フレームで終了するかをセットする。スクリプトは、'&gb'と '&pb' ネームリストマーカーの名前リスト内で定義された値でMM-GBSAとMM-PBSA計算を実行する。「verbose」変数はoutput fileに出力する項目を、'dec_verbose'はdecomp output fileに出力する項目を指定する。

$AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd

上記コマンド、MMPBSA.py.MPIは並列での実行であり、Section 3.4で詳述している。対話的にスクリプトを実行し、stdoutとstderrへのエラーや警告などの計算の進捗状況を表示する。最後に計算の各ステップの間に要した時間を示す。

コマンドライン引数は、シェル認識ワイルドカード(すなわち、'*およびbashでは'?')で与えることができる。たとえば、コマンドラインで '-y *.mdcrd'は作業ディレクトリ内の '.mdcrd'で終わるすべてのファイルを読み込み、trajectoryとして解析するために使用することをスクリプトに指示する。

このスクリプトによって作成されたすべての出力ファイルは: per_res_output.tgzである。

スクリプトはptrajを使用して、GBとPBの計算中に分析されたcoordinateである3つの非溶媒和 mdcrdファイル(複合体、受容体、およびリガンド)を作成する。*.mdoutファイルは指定されたすべてのフレームに対するエネルギーを含んでいる。平均構造のPDBファイルは、エントロピーの計算が行われると、最小化に対応した平均構造として作られる。MMPBSA.pyによって作成されたすべてのファイルは、最終的な出力ファイルを除き、接頭辞「_MMPBSA_ 'で始まる。 FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat と FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat

FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat
| Run on Thu May 20 14:55:43 EDT 2010

|Input file:
|--------------------------------------------------------------
|Per-residue GB and PB decomposition
|&general
|   endframe=50, verbose=1,
|/
|&gb
|  igb=5, saltcon=0.100,
|/
|&pb
|  istrng=0.100,
|/
|&decomp
|  idecomp=1, print_res="5; 30-40; 170-200"
|  dec_verbose=1,
|/
|--------------------------------------------------------------
|Complex topology file:           ras-raf.prmtop
|Receptor topology file:          ras.prmtop
|Ligand topology file:            raf.prmtop
|Initial mdcrd(s):                prod.mdcrd
|
|Best guess for receptor mask:   ":1-166"
|Best guess for  ligand  mask:   ":167-242"

|Calculations performed using 50 frames.
|Poisson Boltzmann calculations performed using internal PBSA solver in sander.
|
|All units are reported in kcal/mole.
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

GENERALIZED BORN:

Complex:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                  -1863.7944               16.9979              2.4039
EEL                     -17200.7297               75.1734             10.6311
EGB                      -2918.9628               65.1000              9.2065
ESURF                       92.2138                0.9782              0.1383

G gas                   -19064.5240               77.0712             10.8995
G solv                   -2826.7490               65.1073              9.2076

TOTAL                   -21891.2730               52.3724              7.4066


Receptor:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                  -1268.1888               14.0912              1.9928
EEL                     -11557.0773               70.9920             10.0398
EGB                      -2314.8693               56.2410              7.9537
ESURF                       64.4513                0.6128              0.0867

G gas                   -12825.2661               72.3770             10.2356
G solv                   -2250.4181               56.2443              7.9542

TOTAL                   -15075.6842               36.8322              5.2089


Ligand:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                   -529.3090                9.3251              1.3188
EEL                      -4684.4720               35.7816              5.0603
EGB                      -1587.3051               26.8494              3.7971
ESURF                       38.5992                0.5158              0.0730

G gas                    -5213.7811               36.9768              5.2293
G solv                   -1548.7058               26.8544              3.7978

TOTAL                    -6762.4869               26.1943              3.7044


Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                    -66.2966                4.2321              0.5985
EEL                       -959.1803               34.5681              4.8887
EGB                        983.2116               33.0175              4.6694
ESURF                      -10.8367                0.3832              0.0542

DELTA G gas              -1025.4769               34.8262              4.9252
DELTA G solv               972.3749               33.0197              4.6697


 DELTA G binding =        -53.1020     +/-      6.8437                 0.9678
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

POISSON BOLTZMANN:

Complex:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                  -1863.7944               16.9979              2.4039
EEL                     -17200.7297               75.1734             10.6311
EPB                      -3216.4587               65.8638              9.3146
ECAVITY                     67.8762                0.7739              0.1094

G gas                   -19064.5240               77.0712             10.8995
G solv                   -3148.5825               65.8684              9.3152

TOTAL                   -22213.1066               51.7402              7.3172


Receptor:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                  -1268.1888               14.0912              1.9928
EEL                     -11557.0773               70.9920             10.0398
EPB                      -2489.5955               55.9343              7.9103
ECAVITY                     47.1495                0.4689              0.0663

G gas                   -12825.2661               72.3770             10.2356
G solv                   -2442.4460               55.9363              7.9106

TOTAL                   -15267.7121               38.0243              5.3774


Ligand:
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                   -529.3090                9.3251              1.3188
EEL                      -4684.4720               35.7816              5.0603
EPB                      -1673.2574               27.4055              3.8757
ECAVITY                     28.0328                0.4091              0.0579

G gas                    -5213.7811               36.9768              5.2293
G solv                   -1645.2246               27.4085              3.8761

TOTAL                    -6859.0057               24.7882              3.5056


Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                    -66.2966                4.2321              0.5985
EEL                       -959.1803               34.5681              4.8887
EPB                        946.3942               34.1674              4.8320
ECAVITY                     -7.3062                0.2973              0.0420

DELTA G gas              -1025.4769               34.8262              4.9252
DELTA G solv               939.0881               34.1687              4.8322



 DELTA G binding =        -86.3888     +/-      8.1817                 1.1571
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

WARNINGS:
igb=5 should be used with either mbondi2 or bondi pbradii set. Yours are modified Bondi radii (mbondi)
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat
| Run on Thu May 20 14:55:43 EDT 2010
idecomp = 1: Decomposition per-residue adding 1-4 interactions added to Internal.
Energy Decomposition Analysis (All units kcal/mol): Generalized Born solvent


DELTAS:
Total Energy Decomposition:
Residue |  Location |       Internal      |    van der Waals    |    Electrostatic    |   Polar Solvation   |   Non-Polar Solv.   |       TOTAL       
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
LYS   5 | R LYS   5 |    0.000 +/-  4.870 |   -0.156 +/-  1.465 |   69.267 +/-  9.154 |  -67.061 +/-  9.601 |   -0.009 +/-  0.156 |    2.040 +/- 14.208
ASP  30 | R ASP  30 |    0.000 +/-  5.623 |   -0.065 +/-  0.961 |  -52.559 +/- 11.072 |   52.622 +/-  9.530 |    0.000 +/-  0.084 |   -0.003 +/- 15.684
GLU  31 | R GLU  31 |    0.000 +/-  5.174 |   -0.247 +/-  1.099 |  -79.946 +/- 10.550 |   80.630 +/-  9.693 |   -0.227 +/-  0.125 |    0.210 +/- 15.272
TYR  32 | R TYR  32 |    0.000 +/-  4.615 |   -0.290 +/-  1.515 |    0.639 +/-  4.431 |   -0.076 +/-  3.229 |   -0.012 +/-  0.175 |    0.261 +/-  7.327
ASP  33 | R ASP  33 |    0.000 +/-  4.464 |   -0.556 +/-  1.073 | -103.116 +/-  5.820 |  103.788 +/-  5.821 |   -0.459 +/-  0.094 |   -0.343 +/-  9.426
PRO  34 | R PRO  34 |    0.000 +/-  3.388 |   -1.829 +/-  0.869 |   -3.383 +/-  2.647 |    3.854 +/-  1.944 |   -0.308 +/-  0.130 |   -1.666 +/-  4.800
THR  35 | R THR  35 |    0.000 +/-  5.702 |   -1.829 +/-  1.049 |    0.376 +/-  4.365 |    0.947 +/-  2.028 |   -0.204 +/-  0.070 |   -0.709 +/-  7.536
ILE  36 | R ILE  36 |    0.000 +/-  4.650 |   -2.987 +/-  1.918 |    0.092 +/-  2.149 |    0.991 +/-  0.697 |   -0.377 +/-  0.072 |   -2.282 +/-  5.515
GLU  37 | R GLU  37 |    0.000 +/-  5.221 |   -1.627 +/-  1.388 | -126.728 +/-  6.441 |  120.528 +/-  4.686 |   -0.745 +/-  0.048 |   -8.573 +/-  9.624
ASP  38 | R ASP  38 |    0.000 +/-  3.750 |   -1.583 +/-  1.560 | -104.899 +/-  6.925 |   99.370 +/-  5.710 |   -0.254 +/-  0.037 |   -7.367 +/-  9.852
SER  39 | R SER  39 |    0.000 +/-  3.447 |   -2.184 +/-  1.086 |  -13.696 +/-  3.959 |    8.918 +/-  1.800 |   -0.504 +/-  0.035 |   -7.466 +/-  5.655
TYR  40 | R TYR  40 |    0.000 +/-  4.687 |   -4.403 +/-  1.682 |   -3.076 +/-  2.884 |    1.652 +/-  1.092 |   -0.366 +/-  0.042 |   -6.193 +/-  5.858
ARG 170 | L ARG   4 |    0.000 +/-  4.987 |   -0.094 +/-  1.646 |  -86.951 +/- 10.352 |   82.074 +/-  6.005 |   -0.147 +/-  0.073 |   -5.118 +/- 13.069
VAL 171 | L VAL   5 |    0.000 +/-  3.812 |   -0.183 +/-  1.390 |    2.128 +/-  2.460 |   -2.010 +/-  0.555 |    0.000 +/-  0.008 |   -0.065 +/-  4.778
PHE 172 | L PHE   6 |    0.000 +/-  4.289 |   -0.217 +/-  0.944 |    0.037 +/-  1.743 |    0.132 +/-  0.939 |    0.000 +/-  0.064 |   -0.048 +/-  4.818
LEU 173 | L LEU   7 |    0.000 +/-  4.907 |   -0.398 +/-  1.241 |   -0.940 +/-  3.050 |    1.683 +/-  1.446 |    0.000 +/-  0.022 |    0.345 +/-  6.084
PRO 174 | L PRO   8 |    0.000 +/-  3.433 |   -0.188 +/-  1.422 |    2.303 +/-  3.219 |   -2.589 +/-  1.289 |    0.000 +/-  0.051 |   -0.474 +/-  5.083
ASN 175 | L ASN   9 |    0.000 +/-  4.796 |   -1.671 +/-  1.017 |   -1.833 +/-  4.740 |    4.535 +/-  2.409 |   -0.354 +/-  0.119 |    0.678 +/-  7.233
LYS 176 | L LYS  10 |    0.000 +/-  4.403 |   -1.848 +/-  0.810 |  -33.879 +/-  7.269 |   36.798 +/-  6.704 |   -0.315 +/-  0.107 |    0.756 +/- 10.856
GLN 177 | L GLN  11 |    0.000 +/-  4.261 |   -3.791 +/-  1.560 |   -1.910 +/-  3.338 |    4.530 +/-  2.016 |   -0.359 +/-  0.050 |   -1.530 +/-  5.983
ARG 178 | L ARG  12 |    0.000 +/-  6.180 |   -2.462 +/-  1.321 |  -77.671 +/-  6.496 |   73.669 +/-  4.608 |   -0.386 +/-  0.076 |   -6.850 +/- 10.167
THR 179 | L THR  13 |    0.000 +/-  4.716 |   -1.277 +/-  1.200 |  -10.976 +/-  3.020 |    9.344 +/-  0.977 |   -0.158 +/-  0.031 |   -3.068 +/-  5.810
VAL 180 | L VAL  14 |    0.000 +/-  4.196 |   -3.837 +/-  1.389 |   -3.014 +/-  2.541 |    2.972 +/-  0.804 |   -0.501 +/-  0.041 |   -4.379 +/-  5.161
VAL 181 | L VAL  15 |    0.000 +/-  4.333 |   -1.791 +/-  1.119 |   -3.565 +/-  2.809 |    3.472 +/-  0.656 |   -0.155 +/-  0.055 |   -2.039 +/-  5.324
ASN 182 | L ASN  16 |    0.000 +/-  4.282 |   -1.978 +/-  0.859 |   -3.199 +/-  5.507 |    3.645 +/-  2.886 |   -0.369 +/-  0.085 |   -1.900 +/-  7.598
VAL 183 | L VAL  17 |    0.000 +/-  4.088 |   -0.187 +/-  1.149 |    1.057 +/-  4.557 |   -0.672 +/-  2.388 |    0.000 +/-  0.073 |    0.199 +/-  6.671
ARG 184 | L ARG  18 |    0.000 +/-  4.797 |   -0.183 +/-  1.450 |  -90.812 +/-  7.977 |   87.306 +/-  6.336 |   -0.335 +/-  0.109 |   -4.023 +/- 11.353
ASN 185 | L ASN  19 |    0.000 +/-  5.744 |   -0.018 +/-  0.966 |   -0.268 +/-  7.498 |    0.303 +/-  4.029 |    0.000 +/-  0.099 |    0.017 +/- 10.315
GLY 186 | L GLY  20 |    0.000 +/-  2.371 |   -0.008 +/-  0.701 |   -0.334 +/-  2.324 |    0.379 +/-  1.810 |    0.000 +/-  0.057 |    0.037 +/-  3.846
MET 187 | L MET  21 |    0.000 +/-  3.770 |   -0.156 +/-  1.254 |   -1.692 +/-  3.999 |    1.697 +/-  2.588 |   -0.031 +/-  0.089 |   -0.181 +/-  6.204
SER 188 | L SER  22 |    0.000 +/-  5.828 |   -0.013 +/-  1.008 |    2.808 +/-  4.910 |   -2.793 +/-  1.893 |    0.000 +/-  0.061 |    0.002 +/-  7.917
LEU 189 | L LEU  23 |    0.000 +/-  4.943 |   -0.021 +/-  1.312 |    1.683 +/-  2.195 |   -1.464 +/-  0.671 |    0.000 +/-  0.013 |    0.197 +/-  5.606
HIP 190 | L HIP  24 |    0.000 +/-  5.252 |   -0.024 +/-  1.131 |  -43.617 +/-  5.567 |   43.652 +/-  4.925 |    0.000 +/-  0.083 |    0.011 +/-  9.172
ASP 191 | L ASP  25 |    0.000 +/-  3.724 |   -0.058 +/-  0.723 |   62.413 +/-  8.165 |  -61.719 +/-  8.199 |    0.000 +/-  0.107 |    0.636 +/- 12.178
CYS 192 | L CYS  26 |    0.000 +/-  5.318 |   -0.098 +/-  1.398 |    1.937 +/-  3.894 |   -1.552 +/-  1.485 |    0.000 +/-  0.042 |    0.287 +/-  6.900
LEU 193 | L LEU  27 |    0.000 +/-  4.324 |   -0.108 +/-  1.390 |    0.884 +/-  2.119 |   -0.740 +/-  0.648 |    0.000 +/-  0.006 |    0.036 +/-  5.054

... cut off 250 lines

出力ファイルの先頭には、計算についての詳細を示している。出力ファイルの残りの部分は、すべての平均エネルギー、標準偏差、およびPB続いGBの平均の標準誤差を含んでいる。各セクションの後、結合のΔGは、エラー値と一緒に与えられている。ファイル内の用語の意味は:

VDWAALS = van der Waals contribution from MM.
EEL = electrostatic energy.
EPB/EGB = the electrostatic contribution to the solvation free energy calculated by PB or GB respectively.
ESURF/ECAVITY/ENPOLAR = nonpolar contribution to the solvation free energy calculated by an empirical model.
DELTA G binding = final estimated binding free energy calculated from the terms above. (kcal/mol)

FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat出力ファイルには、システムの構成要素に分けられた部分とそれぞれの残基との相互作用に関する情報: 内部(idecomp = 1の場合、結合、角度、dihedral、1-4相互作用を構成するポテンシャル項)、van der Waals(idecomp = 2の場合、VDWと 1-4 VDW)、静電(idecomp = 2 の場合、EELと1-4 EEL)、極性溶媒和、および非極性溶媒和が含まれている。このファイルは、いくつかのセクションに分かれている。:

複合体、受容体、リガンド、およびDELTA(複合体によって定義される - 受容体 - リガンド)中の各残基のそれぞれのエネルギーは、独自のセクションに印刷される。さらに、各々は、バックボーン、側鎖、及びそれらのエネルギーのそれぞれのエネルギーへの寄与に分解される。"Backbone"は、システム内の他のすべての原子とbackbone原子間の相互作用エネルギーです。"Sidechain"は、システム内の他のすべての原子と側鎖の原子間の相互作用エネルギーである。"Total"は、システム内の他のすべての原子と残基中のすべての原子との間の相互作用エネルギーである(したがって、その残基のバックボーンとサイドチェーンの値の合計である)。各残基の項は、相互作用の平均値+/-標準偏差を含むコンポーネント部分に分割される。Δセクションでは、追加の"Location"列を含んでおり、そこには複合体中の特定の残基(受容体は 'R'、リガンドは 'L')にが一覧表示される。変数dec_verbose(詳細はマニュアルを参照)は​​DECOMP出力ファイルに何を印刷するかを制御する。

b) ペアワイズ残基当たりの自由エネルギー構成分解

NOTE:PBのimplicit溶媒モデルを用いたペアごとの分解分析は非常に長い時間がかかる。下記の50フレーム分析は、GBおよびPBの両方を使用して、9プロセッサ(独立した9個の、32ビット、シングルコア2.8 GHzのXeonプロセッサ)上で61時間を要した。GBの分析は3分で済むので、PBのペアごとの分解を行うことを選択した場合、長いシミュレーション時間を必要とする。

このセクションでは、残基当たりのエネルギー分解ペアを実行するために、入力ファイルを変更する。幾分違いはあるが、上記の残基当たりセクションとほぼ同じである。ペアごとの分解入力ファイルは以下のとおりである。:

mmpbsa_pairwise_decomp.in
Pairwise GB and PB decomposition
&general
   endframe=50, verbose=1,
/
&gb
  igb=5, saltcon=0.100,
/
&pb
  istrng=0.100,
/
&decomp
  idecomp=1, print_res="5; 30-40; 170-200"
  dec_verbose=0,
/

残基あたりの分解のために使用されたのと同じコマンドMMPBSA.pyを使用する。しかし、ペアワイズ分解に&decompネームリストでprint_resを定義するのに注意を払う。ペアワイズ分解のために評価する必要のある項は、n2(nはprint_resによって指定する残基の数)となる。デフォルトでは、print_resは複合体中のあらゆる残基に対応し、Ras-Rafでは約65メガバイト(45万行以上)がdecomp outputファイルが作成される。また、サンダーによって作成されるmdoutファイルも(分析されるフレームの数とペアに応じて、数GB)非常に大きくなり、実質的になるパーサーのメモリ/時間の要件(つまり、それだけで出力を解析するのに数分かかる場合がある)。計算されたペアはprint_resに指定されている残基とprint_resで指定された他の残基とのペアに対応する。print_res構文の説明については、マニュアルを参照。

出力ファイルの一部を以下に示す。:

FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat
| Run on Sun May 23 05:36:28 EDT 2010
idecomp = 3: Pairwise decomposition adding 1-4 interactions added to Internal.
Pairwise Energy Decomposition Analysis (All units kcal/mol): Generalized Born solvent


DELTAS:
Total Energy Decomposition:
Resid 1 | Resid 2 |       Internal      |    van der Waals    |    Electrostatic    |   Polar Solvation   |   Non-Polar Solv.   |       TOTAL
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
LYS   5 | LYS   5 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  1.075 |    0.000 +/-  3.408 |    1.601 +/-  7.229 |    0.000 +/-  0.051 |    1.601 +/-  8.064
LYS   5 | ASP  30 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.341 |   -0.000 +/-  0.339 |    0.000 +/-  0.000 |   -0.000 +/-  0.480
LYS   5 | GLU  31 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.350 |    0.000 +/-  0.348 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.494
LYS   5 | TYR  32 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.001 |    0.000 +/-  0.071 |    0.000 +/-  0.070 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.099
LYS   5 | ASP  33 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.434 |    0.000 +/-  0.431 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.612
LYS   5 | PRO  34 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.064 |    0.000 +/-  0.064 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.090
LYS   5 | THR  35 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.189 |    0.008 +/-  0.183 |    0.000 +/-  0.000 |    0.008 +/-  0.262
LYS   5 | ILE  36 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.001 |    0.000 +/-  0.120 |    0.021 +/-  0.130 |    0.000 +/-  0.000 |    0.021 +/-  0.177

... cut 1800 lines

ARG 200 | LEU 197 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.423 |    0.000 +/-  0.779 |   -0.226 +/-  0.442 |    0.000 +/-  0.022 |   -0.226 +/-  0.991
ARG 200 | LYS 198 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.284 |    0.000 +/-  0.793 |    0.237 +/-  0.572 |    0.000 +/-  0.011 |    0.237 +/-  1.018
ARG 200 | VAL 199 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.291 |    0.000 +/-  0.832 |    1.460 +/-  0.587 |    0.000 +/-  0.019 |    1.460 +/-  1.059
ARG 200 | ARG 200 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.562 |    0.000 +/-  3.888 |   14.394 +/-  2.388 |   -0.000 +/-  0.035 |   14.394 +/-  4.598
idecomp = 3: Pairwise decomposition adding 1-4 interactions added to Internal.
Pairwise Energy Decomposition Analysis (All units kcal/mol): Poisson Boltzmann solvent


DELTAS:
Total Energy Decomposition:
Resid 1 | Resid 2 |       Internal      |    van der Waals    |    Electrostatic    |   Polar Solvation   |   Non-Polar Solv.   |       TOTAL
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
LYS   5 | LYS   5 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  1.075 |    0.000 +/-  3.408 |    0.670 +/-  7.128 |    0.000 +/-  0.000 |    0.670 +/-  7.974
LYS   5 | ASP  30 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.341 |    0.007 +/-  0.334 |    0.000 +/-  0.000 |    0.007 +/-  0.477
LYS   5 | GLU  31 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.350 |    0.009 +/-  0.344 |    0.000 +/-  0.000 |    0.009 +/-  0.491
LYS   5 | TYR  32 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.001 |    0.000 +/-  0.071 |    0.002 +/-  0.069 |    0.000 +/-  0.000 |    0.002 +/-  0.098
LYS   5 | ASP  33 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.434 |    0.007 +/-  0.423 |    0.000 +/-  0.000 |    0.007 +/-  0.606
LYS   5 | PRO  34 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.064 |   -0.000 +/-  0.063 |    0.000 +/-  0.000 |   -0.000 +/-  0.090
LYS   5 | THR  35 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.189 |    0.024 +/-  0.175 |    0.000 +/-  0.000 |    0.024 +/-  0.257
LYS   5 | ILE  36 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.001 |    0.000 +/-  0.120 |    0.009 +/-  0.102 |    0.000 +/-  0.000 |    0.009 +/-  0.158
LYS   5 | GLU  37 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.008 |    0.000 +/-  1.649 |   -0.223 +/-  1.624 |    0.000 +/-  0.000 |   -0.223 +/-  2.315
LYS   5 | ASP  38 |    0.000 +/-  0.000 |    0.000 +/-  0.009 |    0.000 +/-  1.802 |   -0.191 +/-  1.383 |    0.000 +/-  0.000 |   -0.191 +/-  2.272

... cut 1800 lines

エネルギー分解方式は合計値に影響を与えないのでFINAL_RESULTS_MMPBSA.datは、残基当たりの分解のための1つのとまったく同じになることに注意する。したがって、ファイルは冗長性を回避するために省略する。


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(Note: These tutorials are meant to provide illustrative examples of how to use the AMBER software suite to carry out simulations that can be run on a simple workstation in a reasonable period of time. They do not necessarily provide the optimal choice of parameters or methods for the particular application area.)
Copyright McGee, Miller, and Swails 2009