(Note: These tutorials are meant to provide
illustrative examples of how to use the AMBER software suite to carry out
simulations that can be run on a simple workstation in a reasonable period of
time. They do not necessarily provide the optimal choice of parameters or
methods for the particular application area.)
Copyright McGee, Miller, and Swails 2009
AMBER ADVANCED TUTORIALS
TUTORIAL 3 - SECTION 3.6
Python Script MMPBSA.py
Dwight McGee, Bill Miller III, and Jason Swails
MMPBSA.pyを使用して、結合自由エネルギーを計算するための重要なファイルは、トポロジーファイルとmdcrdファイル(ras-raf_top_mdcrd.tgz)である。
残基またはペアワイズ残基ベースでのRas-Rafの結合自由エネルギーに対する自由エネルギーの寄与 (amber11 only!)
前章までにRAS-Rafシステム上での自由エネルギー構成を明らかにした(Section 3.1)。Amberは、2つのタイプの自由エネルギー構成分解、残基ベースとペアワイズ残基ベース、をサポートしている。残基ベースの分解は、単一の残基のシステム内のすべての残基に対する相互作用を加算することにより、エネルギー寄与を計算する。ペアワイズ分解は、システム内の残基対の間の相互作用エネルギーを計算する。下記に両方のタイプの例を示す。MMPBSA.pyが正しくマスクを推測した場合、残基ベースで取得したΔ寄与は機能することに注意する。独自のマスクを入力した場合は、入力ファイルへ残基のカードをマニュアルで追加する必要がる。
a) 残基あたりの自由エネルギー構成分解
自由エネルギー構成分解するには、&decomp namelistをMMPBSA.pyの入力ファイルで指定する。また、変数idecompを指定する(デフォルト値はない)。この変数値を誤ると、プログラムは情報を含んだエラーメッセージを表示して終了する。idecompには4つの値があり、1と2は残基あたりの分解である。1を選択すると、1-4非結合相互作用エネルギー(1-4 EELと1-4 VDW)を追加する。2を選択すると、静電ポテンシャル項に1-4 EELの相互作用エネルギーを追加し、ファンデルワールスポテンシャル項に1-4 VDW相互作用エネルギーを加える。
下記のMMPBSA.py入力ファイルは、PBもしくはGB implicit solvent モデルで、残基対応の分解を実行するために使用する(注:PB非極性溶媒和エネルギーは現在構成分解出来ない)。
mmpbsa_per_res_decomp.in |
Per-residue GB and PB decomposition &general endframe=50, verbose=1, / &gb igb=5, saltcon=0.100, / &pb istrng=0.100, / &decomp idecomp=1, print_res="5; 30-40; 170-200" dec_verbose=1, / |
MMPBSA.py用の入力ファイルは、AMBERのsanderモジュールのmdinファイルの設定に同様になるように設計されている。各名前リストは、ampersand (&)で開始し、次に名前リストが続く。また、名前リストの終了はbackslash (/)または'&end'で表す。すべての変数の完全なリストについては、Manualを参照する。入力ファイルは、&general, &pb, &gbと&decompの4つの名前リストに分割されている。一般的な名前リストは、計算の特定の部分に変数を指定するのではなく、すべての部分に変数を指定するように設計されている。このセットアップでは、受容体をRAS、リガンドはRAFと定義した。'endframe'変数はmdcrdの何フレームで終了するかをセットする。スクリプトは、'&gb'と '&pb' ネームリストマーカーの名前リスト内で定義された値でMM-GBSAとMM-PBSA計算を実行する。「verbose」変数はoutput fileに出力する項目を、'dec_verbose'はdecomp output fileに出力する項目を指定する。
$AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd
上記コマンド、MMPBSA.py.MPIは並列での実行であり、Section 3.4で詳述している。対話的にスクリプトを実行し、stdoutとstderrへのエラーや警告などの計算の進捗状況を表示する。最後に計算の各ステップの間に要した時間を示す。
コマンドライン引数は、シェル認識ワイルドカード(すなわち、'*およびbashでは'?')で与えることができる。たとえば、コマンドラインで '-y *.mdcrd'は作業ディレクトリ内の '.mdcrd'で終わるすべてのファイルを読み込み、trajectoryとして解析するために使用することをスクリプトに指示する。
このスクリプトによって作成されたすべての出力ファイルは: per_res_output.tgzである。
スクリプトはptrajを使用して、GBとPBの計算中に分析されたcoordinateである3つの非溶媒和 mdcrdファイル(複合体、受容体、およびリガンド)を作成する。*.mdoutファイルは指定されたすべてのフレームに対するエネルギーを含んでいる。平均構造のPDBファイルは、エントロピーの計算が行われると、最小化に対応した平均構造として作られる。MMPBSA.pyによって作成されたすべてのファイルは、最終的な出力ファイルを除き、接頭辞「_MMPBSA_ 'で始まる。 FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat と FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat
FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat |
| Run on Thu May 20 14:55:43 EDT 2010 |Input file: |-------------------------------------------------------------- |Per-residue GB and PB decomposition |&general | endframe=50, verbose=1, |/ |&gb | igb=5, saltcon=0.100, |/ |&pb | istrng=0.100, |/ |&decomp | idecomp=1, print_res="5; 30-40; 170-200" | dec_verbose=1, |/ |-------------------------------------------------------------- |Complex topology file: ras-raf.prmtop |Receptor topology file: ras.prmtop |Ligand topology file: raf.prmtop |Initial mdcrd(s): prod.mdcrd | |Best guess for receptor mask: ":1-166" |Best guess for ligand mask: ":167-242" |Calculations performed using 50 frames. |Poisson Boltzmann calculations performed using internal PBSA solver in sander. | |All units are reported in kcal/mole. ------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------- GENERALIZED BORN: Complex: Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS -1863.7944 16.9979 2.4039 EEL -17200.7297 75.1734 10.6311 EGB -2918.9628 65.1000 9.2065 ESURF 92.2138 0.9782 0.1383 G gas -19064.5240 77.0712 10.8995 G solv -2826.7490 65.1073 9.2076 TOTAL -21891.2730 52.3724 7.4066 Receptor: Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS -1268.1888 14.0912 1.9928 EEL -11557.0773 70.9920 10.0398 EGB -2314.8693 56.2410 7.9537 ESURF 64.4513 0.6128 0.0867 G gas -12825.2661 72.3770 10.2356 G solv -2250.4181 56.2443 7.9542 TOTAL -15075.6842 36.8322 5.2089 Ligand: Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS -529.3090 9.3251 1.3188 EEL -4684.4720 35.7816 5.0603 EGB -1587.3051 26.8494 3.7971 ESURF 38.5992 0.5158 0.0730 G gas -5213.7811 36.9768 5.2293 G solv -1548.7058 26.8544 3.7978 TOTAL -6762.4869 26.1943 3.7044 Differences (Complex - Receptor - Ligand): Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS -66.2966 4.2321 0.5985 EEL -959.1803 34.5681 4.8887 EGB 983.2116 33.0175 4.6694 ESURF -10.8367 0.3832 0.0542 DELTA G gas -1025.4769 34.8262 4.9252 DELTA G solv 972.3749 33.0197 4.6697 DELTA G binding = -53.1020 +/- 6.8437 0.9678 ------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------- POISSON BOLTZMANN: Complex: Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS -1863.7944 16.9979 2.4039 EEL -17200.7297 75.1734 10.6311 EPB -3216.4587 65.8638 9.3146 ECAVITY 67.8762 0.7739 0.1094 G gas -19064.5240 77.0712 10.8995 G solv -3148.5825 65.8684 9.3152 TOTAL -22213.1066 51.7402 7.3172 Receptor: Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS -1268.1888 14.0912 1.9928 EEL -11557.0773 70.9920 10.0398 EPB -2489.5955 55.9343 7.9103 ECAVITY 47.1495 0.4689 0.0663 G gas -12825.2661 72.3770 10.2356 G solv -2442.4460 55.9363 7.9106 TOTAL -15267.7121 38.0243 5.3774 Ligand: Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS -529.3090 9.3251 1.3188 EEL -4684.4720 35.7816 5.0603 EPB -1673.2574 27.4055 3.8757 ECAVITY 28.0328 0.4091 0.0579 G gas -5213.7811 36.9768 5.2293 G solv -1645.2246 27.4085 3.8761 TOTAL -6859.0057 24.7882 3.5056 Differences (Complex - Receptor - Ligand): Energy Component Average Std. Dev. Std. Err. of Mean ------------------------------------------------------------------------------- VDWAALS -66.2966 4.2321 0.5985 EEL -959.1803 34.5681 4.8887 EPB 946.3942 34.1674 4.8320 ECAVITY -7.3062 0.2973 0.0420 DELTA G gas -1025.4769 34.8262 4.9252 DELTA G solv 939.0881 34.1687 4.8322 DELTA G binding = -86.3888 +/- 8.1817 1.1571 ------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------- WARNINGS: igb=5 should be used with either mbondi2 or bondi pbradii set. Yours are modified Bondi radii (mbondi) |
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat |
| Run on Thu May 20 14:55:43 EDT 2010 idecomp = 1: Decomposition per-residue adding 1-4 interactions added to Internal. Energy Decomposition Analysis (All units kcal/mol): Generalized Born solvent DELTAS: Total Energy Decomposition: Residue | Location | Internal | van der Waals | Electrostatic | Polar Solvation | Non-Polar Solv. | TOTAL ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LYS 5 | R LYS 5 | 0.000 +/- 4.870 | -0.156 +/- 1.465 | 69.267 +/- 9.154 | -67.061 +/- 9.601 | -0.009 +/- 0.156 | 2.040 +/- 14.208 ASP 30 | R ASP 30 | 0.000 +/- 5.623 | -0.065 +/- 0.961 | -52.559 +/- 11.072 | 52.622 +/- 9.530 | 0.000 +/- 0.084 | -0.003 +/- 15.684 GLU 31 | R GLU 31 | 0.000 +/- 5.174 | -0.247 +/- 1.099 | -79.946 +/- 10.550 | 80.630 +/- 9.693 | -0.227 +/- 0.125 | 0.210 +/- 15.272 TYR 32 | R TYR 32 | 0.000 +/- 4.615 | -0.290 +/- 1.515 | 0.639 +/- 4.431 | -0.076 +/- 3.229 | -0.012 +/- 0.175 | 0.261 +/- 7.327 ASP 33 | R ASP 33 | 0.000 +/- 4.464 | -0.556 +/- 1.073 | -103.116 +/- 5.820 | 103.788 +/- 5.821 | -0.459 +/- 0.094 | -0.343 +/- 9.426 PRO 34 | R PRO 34 | 0.000 +/- 3.388 | -1.829 +/- 0.869 | -3.383 +/- 2.647 | 3.854 +/- 1.944 | -0.308 +/- 0.130 | -1.666 +/- 4.800 THR 35 | R THR 35 | 0.000 +/- 5.702 | -1.829 +/- 1.049 | 0.376 +/- 4.365 | 0.947 +/- 2.028 | -0.204 +/- 0.070 | -0.709 +/- 7.536 ILE 36 | R ILE 36 | 0.000 +/- 4.650 | -2.987 +/- 1.918 | 0.092 +/- 2.149 | 0.991 +/- 0.697 | -0.377 +/- 0.072 | -2.282 +/- 5.515 GLU 37 | R GLU 37 | 0.000 +/- 5.221 | -1.627 +/- 1.388 | -126.728 +/- 6.441 | 120.528 +/- 4.686 | -0.745 +/- 0.048 | -8.573 +/- 9.624 ASP 38 | R ASP 38 | 0.000 +/- 3.750 | -1.583 +/- 1.560 | -104.899 +/- 6.925 | 99.370 +/- 5.710 | -0.254 +/- 0.037 | -7.367 +/- 9.852 SER 39 | R SER 39 | 0.000 +/- 3.447 | -2.184 +/- 1.086 | -13.696 +/- 3.959 | 8.918 +/- 1.800 | -0.504 +/- 0.035 | -7.466 +/- 5.655 TYR 40 | R TYR 40 | 0.000 +/- 4.687 | -4.403 +/- 1.682 | -3.076 +/- 2.884 | 1.652 +/- 1.092 | -0.366 +/- 0.042 | -6.193 +/- 5.858 ARG 170 | L ARG 4 | 0.000 +/- 4.987 | -0.094 +/- 1.646 | -86.951 +/- 10.352 | 82.074 +/- 6.005 | -0.147 +/- 0.073 | -5.118 +/- 13.069 VAL 171 | L VAL 5 | 0.000 +/- 3.812 | -0.183 +/- 1.390 | 2.128 +/- 2.460 | -2.010 +/- 0.555 | 0.000 +/- 0.008 | -0.065 +/- 4.778 PHE 172 | L PHE 6 | 0.000 +/- 4.289 | -0.217 +/- 0.944 | 0.037 +/- 1.743 | 0.132 +/- 0.939 | 0.000 +/- 0.064 | -0.048 +/- 4.818 LEU 173 | L LEU 7 | 0.000 +/- 4.907 | -0.398 +/- 1.241 | -0.940 +/- 3.050 | 1.683 +/- 1.446 | 0.000 +/- 0.022 | 0.345 +/- 6.084 PRO 174 | L PRO 8 | 0.000 +/- 3.433 | -0.188 +/- 1.422 | 2.303 +/- 3.219 | -2.589 +/- 1.289 | 0.000 +/- 0.051 | -0.474 +/- 5.083 ASN 175 | L ASN 9 | 0.000 +/- 4.796 | -1.671 +/- 1.017 | -1.833 +/- 4.740 | 4.535 +/- 2.409 | -0.354 +/- 0.119 | 0.678 +/- 7.233 LYS 176 | L LYS 10 | 0.000 +/- 4.403 | -1.848 +/- 0.810 | -33.879 +/- 7.269 | 36.798 +/- 6.704 | -0.315 +/- 0.107 | 0.756 +/- 10.856 GLN 177 | L GLN 11 | 0.000 +/- 4.261 | -3.791 +/- 1.560 | -1.910 +/- 3.338 | 4.530 +/- 2.016 | -0.359 +/- 0.050 | -1.530 +/- 5.983 ARG 178 | L ARG 12 | 0.000 +/- 6.180 | -2.462 +/- 1.321 | -77.671 +/- 6.496 | 73.669 +/- 4.608 | -0.386 +/- 0.076 | -6.850 +/- 10.167 THR 179 | L THR 13 | 0.000 +/- 4.716 | -1.277 +/- 1.200 | -10.976 +/- 3.020 | 9.344 +/- 0.977 | -0.158 +/- 0.031 | -3.068 +/- 5.810 VAL 180 | L VAL 14 | 0.000 +/- 4.196 | -3.837 +/- 1.389 | -3.014 +/- 2.541 | 2.972 +/- 0.804 | -0.501 +/- 0.041 | -4.379 +/- 5.161 VAL 181 | L VAL 15 | 0.000 +/- 4.333 | -1.791 +/- 1.119 | -3.565 +/- 2.809 | 3.472 +/- 0.656 | -0.155 +/- 0.055 | -2.039 +/- 5.324 ASN 182 | L ASN 16 | 0.000 +/- 4.282 | -1.978 +/- 0.859 | -3.199 +/- 5.507 | 3.645 +/- 2.886 | -0.369 +/- 0.085 | -1.900 +/- 7.598 VAL 183 | L VAL 17 | 0.000 +/- 4.088 | -0.187 +/- 1.149 | 1.057 +/- 4.557 | -0.672 +/- 2.388 | 0.000 +/- 0.073 | 0.199 +/- 6.671 ARG 184 | L ARG 18 | 0.000 +/- 4.797 | -0.183 +/- 1.450 | -90.812 +/- 7.977 | 87.306 +/- 6.336 | -0.335 +/- 0.109 | -4.023 +/- 11.353 ASN 185 | L ASN 19 | 0.000 +/- 5.744 | -0.018 +/- 0.966 | -0.268 +/- 7.498 | 0.303 +/- 4.029 | 0.000 +/- 0.099 | 0.017 +/- 10.315 GLY 186 | L GLY 20 | 0.000 +/- 2.371 | -0.008 +/- 0.701 | -0.334 +/- 2.324 | 0.379 +/- 1.810 | 0.000 +/- 0.057 | 0.037 +/- 3.846 MET 187 | L MET 21 | 0.000 +/- 3.770 | -0.156 +/- 1.254 | -1.692 +/- 3.999 | 1.697 +/- 2.588 | -0.031 +/- 0.089 | -0.181 +/- 6.204 SER 188 | L SER 22 | 0.000 +/- 5.828 | -0.013 +/- 1.008 | 2.808 +/- 4.910 | -2.793 +/- 1.893 | 0.000 +/- 0.061 | 0.002 +/- 7.917 LEU 189 | L LEU 23 | 0.000 +/- 4.943 | -0.021 +/- 1.312 | 1.683 +/- 2.195 | -1.464 +/- 0.671 | 0.000 +/- 0.013 | 0.197 +/- 5.606 HIP 190 | L HIP 24 | 0.000 +/- 5.252 | -0.024 +/- 1.131 | -43.617 +/- 5.567 | 43.652 +/- 4.925 | 0.000 +/- 0.083 | 0.011 +/- 9.172 ASP 191 | L ASP 25 | 0.000 +/- 3.724 | -0.058 +/- 0.723 | 62.413 +/- 8.165 | -61.719 +/- 8.199 | 0.000 +/- 0.107 | 0.636 +/- 12.178 CYS 192 | L CYS 26 | 0.000 +/- 5.318 | -0.098 +/- 1.398 | 1.937 +/- 3.894 | -1.552 +/- 1.485 | 0.000 +/- 0.042 | 0.287 +/- 6.900 LEU 193 | L LEU 27 | 0.000 +/- 4.324 | -0.108 +/- 1.390 | 0.884 +/- 2.119 | -0.740 +/- 0.648 | 0.000 +/- 0.006 | 0.036 +/- 5.054 ... cut off 250 lines |
出力ファイルの先頭には、計算についての詳細を示している。出力ファイルの残りの部分は、すべての平均エネルギー、標準偏差、およびPB続いGBの平均の標準誤差を含んでいる。各セクションの後、結合のΔGは、エラー値と一緒に与えられている。ファイル内の用語の意味は:
VDWAALS = van der Waals contribution from MM.
EEL = electrostatic energy.
EPB/EGB = the electrostatic contribution to the solvation free energy calculated by PB or GB respectively.
ESURF/ECAVITY/ENPOLAR = nonpolar contribution to the solvation free energy calculated by an empirical model.
DELTA G binding = final estimated binding free energy calculated from the terms above. (kcal/mol)
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat出力ファイルには、システムの構成要素に分けられた部分とそれぞれの残基との相互作用に関する情報: 内部(idecomp = 1の場合、結合、角度、dihedral、1-4相互作用を構成するポテンシャル項)、van der Waals(idecomp = 2の場合、VDWと 1-4 VDW)、静電(idecomp = 2 の場合、EELと1-4 EEL)、極性溶媒和、および非極性溶媒和が含まれている。このファイルは、いくつかのセクションに分かれている。:
複合体、受容体、リガンド、およびDELTA(複合体によって定義される - 受容体 - リガンド)中の各残基のそれぞれのエネルギーは、独自のセクションに印刷される。さらに、各々は、バックボーン、側鎖、及びそれらのエネルギーのそれぞれのエネルギーへの寄与に分解される。"Backbone"は、システム内の他のすべての原子とbackbone原子間の相互作用エネルギーです。"Sidechain"は、システム内の他のすべての原子と側鎖の原子間の相互作用エネルギーである。"Total"は、システム内の他のすべての原子と残基中のすべての原子との間の相互作用エネルギーである(したがって、その残基のバックボーンとサイドチェーンの値の合計である)。各残基の項は、相互作用の平均値+/-標準偏差を含むコンポーネント部分に分割される。Δセクションでは、追加の"Location"列を含んでおり、そこには複合体中の特定の残基(受容体は 'R'、リガンドは 'L')にが一覧表示される。変数dec_verbose(詳細はマニュアルを参照)はDECOMP出力ファイルに何を印刷するかを制御する。
b) ペアワイズ残基当たりの自由エネルギー構成分解
NOTE:PBのimplicit溶媒モデルを用いたペアごとの分解分析は非常に長い時間がかかる。下記の50フレーム分析は、GBおよびPBの両方を使用して、9プロセッサ(独立した9個の、32ビット、シングルコア2.8 GHzのXeonプロセッサ)上で61時間を要した。GBの分析は3分で済むので、PBのペアごとの分解を行うことを選択した場合、長いシミュレーション時間を必要とする。
このセクションでは、残基当たりのエネルギー分解ペアを実行するために、入力ファイルを変更する。幾分違いはあるが、上記の残基当たりセクションとほぼ同じである。ペアごとの分解入力ファイルは以下のとおりである。:
mmpbsa_pairwise_decomp.in |
Pairwise GB and PB decomposition &general endframe=50, verbose=1, / &gb igb=5, saltcon=0.100, / &pb istrng=0.100, / &decomp idecomp=1, print_res="5; 30-40; 170-200" dec_verbose=0, / |
残基あたりの分解のために使用されたのと同じコマンドMMPBSA.pyを使用する。しかし、ペアワイズ分解に&decompネームリストでprint_resを定義するのに注意を払う。ペアワイズ分解のために評価する必要のある項は、n2(nはprint_resによって指定する残基の数)となる。デフォルトでは、print_resは複合体中のあらゆる残基に対応し、Ras-Rafでは約65メガバイト(45万行以上)がdecomp outputファイルが作成される。また、サンダーによって作成されるmdoutファイルも(分析されるフレームの数とペアに応じて、数GB)非常に大きくなり、実質的になるパーサーのメモリ/時間の要件(つまり、それだけで出力を解析するのに数分かかる場合がある)。計算されたペアはprint_resに指定されている残基とprint_resで指定された他の残基とのペアに対応する。print_res構文の説明については、マニュアルを参照。
出力ファイルの一部を以下に示す。:
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat |
| Run on Sun May 23 05:36:28 EDT 2010 idecomp = 3: Pairwise decomposition adding 1-4 interactions added to Internal. Pairwise Energy Decomposition Analysis (All units kcal/mol): Generalized Born solvent DELTAS: Total Energy Decomposition: Resid 1 | Resid 2 | Internal | van der Waals | Electrostatic | Polar Solvation | Non-Polar Solv. | TOTAL ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LYS 5 | LYS 5 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 1.075 | 0.000 +/- 3.408 | 1.601 +/- 7.229 | 0.000 +/- 0.051 | 1.601 +/- 8.064 LYS 5 | ASP 30 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.341 | -0.000 +/- 0.339 | 0.000 +/- 0.000 | -0.000 +/- 0.480 LYS 5 | GLU 31 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.350 | 0.000 +/- 0.348 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.494 LYS 5 | TYR 32 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.001 | 0.000 +/- 0.071 | 0.000 +/- 0.070 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.099 LYS 5 | ASP 33 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.434 | 0.000 +/- 0.431 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.612 LYS 5 | PRO 34 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.064 | 0.000 +/- 0.064 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.090 LYS 5 | THR 35 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.189 | 0.008 +/- 0.183 | 0.000 +/- 0.000 | 0.008 +/- 0.262 LYS 5 | ILE 36 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.001 | 0.000 +/- 0.120 | 0.021 +/- 0.130 | 0.000 +/- 0.000 | 0.021 +/- 0.177 ... cut 1800 lines ARG 200 | LEU 197 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.423 | 0.000 +/- 0.779 | -0.226 +/- 0.442 | 0.000 +/- 0.022 | -0.226 +/- 0.991 ARG 200 | LYS 198 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.284 | 0.000 +/- 0.793 | 0.237 +/- 0.572 | 0.000 +/- 0.011 | 0.237 +/- 1.018 ARG 200 | VAL 199 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.291 | 0.000 +/- 0.832 | 1.460 +/- 0.587 | 0.000 +/- 0.019 | 1.460 +/- 1.059 ARG 200 | ARG 200 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.562 | 0.000 +/- 3.888 | 14.394 +/- 2.388 | -0.000 +/- 0.035 | 14.394 +/- 4.598 idecomp = 3: Pairwise decomposition adding 1-4 interactions added to Internal. Pairwise Energy Decomposition Analysis (All units kcal/mol): Poisson Boltzmann solvent DELTAS: Total Energy Decomposition: Resid 1 | Resid 2 | Internal | van der Waals | Electrostatic | Polar Solvation | Non-Polar Solv. | TOTAL ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LYS 5 | LYS 5 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 1.075 | 0.000 +/- 3.408 | 0.670 +/- 7.128 | 0.000 +/- 0.000 | 0.670 +/- 7.974 LYS 5 | ASP 30 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.341 | 0.007 +/- 0.334 | 0.000 +/- 0.000 | 0.007 +/- 0.477 LYS 5 | GLU 31 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.350 | 0.009 +/- 0.344 | 0.000 +/- 0.000 | 0.009 +/- 0.491 LYS 5 | TYR 32 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.001 | 0.000 +/- 0.071 | 0.002 +/- 0.069 | 0.000 +/- 0.000 | 0.002 +/- 0.098 LYS 5 | ASP 33 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.434 | 0.007 +/- 0.423 | 0.000 +/- 0.000 | 0.007 +/- 0.606 LYS 5 | PRO 34 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.064 | -0.000 +/- 0.063 | 0.000 +/- 0.000 | -0.000 +/- 0.090 LYS 5 | THR 35 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.189 | 0.024 +/- 0.175 | 0.000 +/- 0.000 | 0.024 +/- 0.257 LYS 5 | ILE 36 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.001 | 0.000 +/- 0.120 | 0.009 +/- 0.102 | 0.000 +/- 0.000 | 0.009 +/- 0.158 LYS 5 | GLU 37 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.008 | 0.000 +/- 1.649 | -0.223 +/- 1.624 | 0.000 +/- 0.000 | -0.223 +/- 2.315 LYS 5 | ASP 38 | 0.000 +/- 0.000 | 0.000 +/- 0.009 | 0.000 +/- 1.802 | -0.191 +/- 1.383 | 0.000 +/- 0.000 | -0.191 +/- 2.272 ... cut 1800 lines |
エネルギー分解方式は合計値に影響を与えないのでFINAL_RESULTS_MMPBSA.datは、残基当たりの分解のための1つのとまったく同じになることに注意する。したがって、ファイルは冗長性を回避するために省略する。
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(Note: These tutorials are meant to provide
illustrative examples of how to use the AMBER software suite to carry out
simulations that can be run on a simple workstation in a reasonable period of
time. They do not necessarily provide the optimal choice of parameters or
methods for the particular application area.)
Copyright McGee, Miller, and Swails 2009