Energy Minimization (Continued)


前の最小化計算は、溶質分子の周りの水を緩和した。注意深く計算を進めるには、逆に水分子を固定し溶質分子の最小化を行い、さらに全体の緩和を行う必要がある。しかし、目的は不適切なコンタクトを除くことで、最小化を過剰にする必要はない。ついで全体の最小化を直接行う。:

Minimization of the entire molecular system
 &cntrl
  imin=1, maxcyc=200,
  ntpr=5,
 &end

上記ファイルを "min_all.in" などの名前で保存し、sander で計算させる。

Side Note: シミュレーションを行うときに、多くのファイルを作ることになる。別のノートにでもこれらの道筋を残す習慣のある人は特に気をつけることは無いが、その習慣の無い人は作ったファイルの名前を道筋たててつける方が望ましい。良い名前付けシステムを作ると仕事の覚え書きを作るに等しいが、無意味な名前付けシステムは後で頭痛の種を作ることになる。

$ sander -O -i min_all.in -p wt1mg.parm7 -c wt1mg_min_water.rst -r wt1mg_min_all.rst -o wt1mg_min_all.out

昔は Pentium IV で5〜10分かかったと書いてあるが、i7で計算すると数十秒ですむ。済んだ後でrstファイルからpdbファイルを作り確認する方が良い。ちなみにcp12で水中の安定化作業をするインプットファイルは:

cp12: initial minimisation solvent + ions
&cntrl
imin =1, maxcyc = 1000, ncyc = 500, ntb =1, ntr =1, cut =10
&end
Hold cp12 fixed
500.0
RES 1 75
END
END

最長の残基数は75なのでこうした。cutは各原子から原子間の非共有結合相互作用を計算するための計算範囲を決める定数で10Åとしている。実行は下記ファイルを使う。

mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i cp12_wat_min1.in -o cp12_wat_min1.out -c cp12_wat.inpcrd -p cp12_wat.parm7 -r cp12_wat_min1.rst -ref

何かと面倒なのでこのリストをcp12_wat_min1.shとして保存し、chmod +x cp12_wat_min1.shで実行可能ファイルとして使用した。次のステップのmin2 で全体の緩和を行うが上記ファイルをcp12_wat_min2.shとしてコピーし修正して使用した。ただしインプットファイルからは&end以下を削除する。


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