概要

このチュートリアルでまず標準のMDを実行する。そのHIV- 1のループ挙動をシミュレートするステップの概要を以下に記述する。:

1. インプットファイルの準備
2. エネルギー最小化（構造最適化）
3. 平衡化と平衡化データの分析
4. MDデータの作成
5. 分析
6. 必要なデータのダウンロード

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