(Note: These tutorials are meant to provide
illustrative examples of how to use the AMBER software suite to carry out
simulations that can be run on a simple workstation in a reasonable period of
time. They do not necessarily provide the optimal choice of parameters or
methods for the particular application area.)
Copyright Dwight Mcgee, Bill Miller III, and Jason Swails 2009
AMBER ADVANCED TUTORIALS
TUTORIAL 3
Python Script MMPBSA.py
Dwight McGee, Bill Miller III, & Jason Swails
AmberToolsに含まれているMM-PBSA法を結合自由エネルギー計算ために説明し、アラニンスキャンの実行、通常のモードでエントロピーを計算を行う。チュートリアルは以下の sectionに分かれる。:
Section 3.1 : タンパク質-タンパク質複合体(RAS-RAF)の結合自由エネルギーを計算する。
Section 3.2 : タンパク質-リガンド複合体(エストロゲン受容体およびラロキシフェン)の結合自由エネルギーを計算する。
Section 3.3 : RAS-Rafの結合自由エネルギーを計算し、アラニンに残基を変異させた突然変異Ras-Rafの複合体の結合エネルギーと比較するためアラニンスキャニングを使用、結果を分析する。
Section 3.4 : 3つのプロセッサを使用して並列にRAS-Rafの結合自由エネルギーを計算する。
Section 3.5 : ノーマルモード解析(Nmode)を使用して、エストロゲン受容体およびラロキシフェンの複合体のエントロピーを計算する。
Section 3.6 : Ras-Rafの結合自由エネルギーに対する残基またはペアワイズごとの自由エネルギーの寄与を明らかにする。
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(Note: These tutorials are meant to provide
illustrative examples of how to use the AMBER software suite to carry out
simulations that can be run on a simple workstation in a reasonable period of
time. They do not necessarily provide the optimal choice of parameters or
methods for the particular application area.)
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