前記例についで、output ファイルから温度のデータを抽出し結合させ一つのプロットにまとめた。最初の20ps内に温度は完全に平衡化し300Kに達している。その後の100psは温度はほぼ定常である。
MDの初期状態では、仮に分子のコンフォメーションが定常状態になくポテンシャルエネルギーがドリフトしても、ポテンシャルエネルギーは production data が集められ分析される前にどの程度の平衡化が必要とされるかの典型的判断基準として使われる。この判断を助ける測定値として初期構造に対するRMSDがある。温度と同様にポテンシャルエネルギー値は output file から 直接に 得ることが出来るのでその結果を以下に示す。
次に、ptraj を用いたRMSD の計算法を示す。 .