これまででほぼやり方のこつを理解しただろう。システムを 10 ps 平衡化し、計算から２、３の新しい出力ファイルを得た。本システムは現在 温度 300 K で、密度はほぼ1 grams/mlである。温度と密度のデータをoutput ファイルから抜き出し、プロットする。
システムは 100 K から 300 Kになり、水のボックスは密度が ~0.8 to ~1.0 grams/ml となっている。このシステムの定温、定圧平衡時間をもう少しだけのばしてみよう。
temp0=300.0, ntt=1, tautp=2.0,
ntb=2, ntp=1,
ntc=2, ntf=2,
nrespa=1,
&end
次に平衡化を100psまで実行する。今後特に述べない限り、本当に速いPCかスーパーコンピューターを使わない限り結果がでるまでコンピューターの前で座って待つ必要はない。しかし、計算の設定の動きを良く調べ、計算が設定通りに実行されているかを見届ける必要がある。その後次のステップへ進めるように必要なファイルを用意してある。
$ sander -O -i eq_pt.in -p wt1mg_wat.parm7 -c wt1mg_ eq_v.rst -r wt1mg_eq_pt.rst -x wt1mg_eq.crd -o wt1mg_eq_pt.out
ただし、これをi7、pmemd.cudaで10倍のnstlim=500,000で実行すると25分程度で結果がでる。次ページにあるように100 psまでを結合してグラフにしてみると図のようになり、再現出来ている。