データ分析はどの分子動力学シミュレーションプロジェクトにおいても最も標準的でない部分である。 trajectory を解析するために自分のプログラムを書く人も多い。しかし、標準的な trajectory の扱いには、canalとptraj で十分に対応出来る。このセクションでは一般的なptraj の取り扱いを行う。
1. fixing AMBER trajectory:
100psに相当するMD trajectory を収集する。 UIUC によるVMDによりその trajectory を見ることが出来る。しかし映像をみると water box がしばらくすると拡散するのが分かる。この拡散は trajectoryをptrajで再イメージ化すると簡単に修正出来る。
Initial:
Final:
rajectory の再イメージ化の入力は
であり、ptraj.inとして保存後、ptrajを下記のように実行する。
基本的には、ptrajはsanderにより作られたオリジナルの trajectory ファイルを読み込み、centerをタンパクのmass中心に置き直し周期境界boxをきちんと正方形に作り直す。最後に、それぞれのフレームのrmsdを最初のフレームを参照し計算、両端の残基を除いた C-alpha原子に重ね合わせる。結果の 重ね合わされたフレームはそれぞれの端にあるbox情報を除いた wt1mg_eq_nice.crdとして書き出される。
スクリーンには下記のようなメッセージが出力される。
RMSDプロットによりバックボーン構造が20psで定常状態に達していることが分かる。ついで production data の収集をする。
和田野：2015. 1. 9 現在、こんなグラフは得られていない。