Congratulations! After all that hard work, you have finally reached the easy part.
以上で難しい部分は終わり、つぎは楽な作業部分です。ここで平衡化の最後のステージと同じプロトコルを使い、十分である時間までもしくはコンピューターの時間がなくなるまで続ける
インプットファイルは：
temp0=300.0, ntt=1, tautp=2.0,
ntb=2, ntp=1,
ntc=2, ntf=2,
nrespa=1,
&end
ステップ回数が 500,000 になっている。どのくらい長く実行するかを決めておく必要がある。今日では普通ナノセカンドが論文にするには必要とされる。仮に数ナノセカンドの データを集めるには、一度にすべてを遣り上げようとしないようにする。 "submit and forget"はままにおこることである。シミュレーションの進行に注意深い目を向け続けることは並大抵のことではない。しかし、最後に時間のロスと不要な苦痛を避けるためにはそれは必要である。
$ sander -O -i eq_v.in -p wt1mg.parm7 -c wt1mg_eq_v.rst -r wt1mg_md.rst -x wt1mg_md.crd -o wt1mg_md.out
さきのequlibraiotn(part3)で記したようにnvidiaのGeForce® GTX 680 GPUを載せたi7のlinux CentOS6 のパソコンで計算するとこの計算が25分弱で終わる。